Het lichaam maakt gebruik van drie energiesystemen. Het ATP-CF energiesysteem, het melkzuursysteem en het zuurstofsysteem. Glycogeen speelt een rol in het melkzuursysteem en het zuurstofsysteem.
Het melkzuursysteem
Wanneer het creatinefosfaat (CF) opraakt in het ATP CF-energiesysteem krijgt het steeds meer hulp van het melkzuursysteem.
De enige vorm van energie aan de spieren is ATP (Adenosine Tri Fosfaat).
In het melkzuur-energiesysteem wordt ATP gevormd met hulp van glycogeen. De koolhydraten uit ons eten worden omgezet naar glucose, wat weer omgezet wordt naar glycogeen. Dit glycogeen wordt in de spieren opgeslagen. Bij inspanning wordt in dit energiesysteem glycogeen vervolgens omgezet naar ATP en melkzuur. Deze anaërobe verbranding(verbranding zonder zuurstof, met melkzuur) levert een vorm van spierpijn tijdens de inspanning bij langdurig aanhouden.
Het zuurstofsysteem
Gelijk vanaf het begin van de inspanning is dit energiesysteem actief. Echter pas na een aantal minuten komt dit systeem pas op gang. De neiging van de spier is namelijk altijd het bereiken van de steady-state (het moment waarop er evenveel zuurstof wordt aangeleverd als dat er gevraagd wordt). Dit komt omdat het lichaam eigenlijk alles wil verbranden met zuurstof, maar moet compenseren als er ineens een zuurstof tekort is (door plotselinge grotere spieractiviteit).
Bij dit systeem wordt er gebruik gemaakt van glycogeen, vet of in hele bijzondere gevallen eiwit en zuurstof. Wanneer, in de meeste gevallen glycogeen, er bij inspanning glycogeen en zuurstof (O2) omgezet worden naar ATP ontstaat er als bijproducten water (H2O) en koolstofdioxide (CO2).
Glycogeen + O2 -> 2 ATP + H20 + C02